交通运输部办公厅７月９日下发了《关于网上办理台湾海峡两岸间船舶营运证的通知》（以下简称《通知》）。为提高行政效率，便于船舶运输企业或其船舶代理人申请办理《台湾海峡两岸间船舶营运证》（单航次），交通运输部决定自２００８年８月１日起，试行网上受理行政许可申请。

《通知》指出，网上办理的范围仅适用于台湾海峡间不定期船舶运输的单航次审批。为保证申请人网上提交申请材料的真实性、可靠性、安全性，根据有关法律法规的规定，申请人应事先申请取得“企业网上电子身份证书”（以下称“电子钥匙”），“电子钥匙”由中交网科技有限公司代办。有两类经营人应办理“电子钥匙”：经营两岸航运的大陆船舶运输企业；为两岸航运船舶提供代理服务的大陆船舶代理企业。

具体的办理程序为：第一步，申请人事先申请取得“电子钥匙”；第二步，登陆交通运输部政府网站（ｗｗｗ．ｍｏｔ．ｇｏｖ．ｃｎ）后，在网站首页“办事服务”栏目凭“电子钥匙”进入台湾海峡两岸船舶运输业务网上办理系统；第三步，在网上填报申请并将申请材料扫描后即时传输；第四步，交通运输部依据《台湾海峡两岸间航运管理办法》（交通部令１９９６年第６号）等有关规定进行审批，并在网上公布审批结果；第五步，申请人在网上自行打印《台湾海峡两岸间船舶营运证》，并提交口岸海事部门查验。